Około 1602 roku spłonął pierwotny kościół, postawiono wówczas nowy, prowizoryczny, drewniany. Gdy w 1603 roku na wizytację przybył biskup poznański, Wawrzyniec Goślicki, kościół nie był jeszcze poświęcony. Przy kościele istniała wtedy szkoła, której rektorem był Andrzej z Sobikowa, a kantorem w kościele, jego brat Walenty. Kościół murowany wzniósł kanclerz koronny Kazimierz Bieliński w 1632 roku. Natomiast marszałek wielki koronny, Franciszek Bieliński, przebudował kościół w latach 1733-1737 (projekt przypisuje się Jakubowi Fontanie). Świątynię konsekrował biskup płocki, Andrzej Załuski, w niedzielę po uroczystości Św. Ap. Piotra i Pawła w roku 1733.
W 1704 roku do Karczewa na dwa dni przybyli: król szwedzki Karol XII i Stanisław Leszczyński.
Najstarszą częścią jest kaplica Karczewskich z 1541 roku, dobudowana pierwotnie do świątyni drewnianej. Podczas pożaru miasta w 1865 roku z kościoła pozostały tylko szczątki. Odbudowę finansowali ówcześni dziedzice, Kurtzowie. W latach 1910-1913 kościół był rozbudowany według projektu Hugona Kudery: dobudowano transept, dwie sąsiadujące z nim kaplice od zachodu oraz prezbiterium z zakrystią. Konsekrował go Kard. Aleksander Kakowski 20 czerwca 1915 roku.
W Karczewie były niegdyś słynne dzwony z lat 1618, 1646 i 1668, ale zabrali je Niemcy w 1941 roku. Obecne dzwony (Józef, Franciszek i Antoni) w dzwonnicy murowanej z XVIII wieku, poświęcił Kard. August Hlond 29 lipca 1946. Choć kościół wiele wycierpiał w 1944 roku, to wszystkie zniszczenia udało się naprawić.
Od XIX wieku szczególnie bogato celebruje się uroczystość Bożego Ciała.
Karczew od XVIII wieku słynął z jarmarków bydła, a po drugiej wojnie światowej stał się uznanym ośrodkiem wyrobów miesnych dla stolicy. Pozycję tę zachował do dziś.
